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Les groupes transverses « Europe et International » et « Sciences de base pour l‘énergie » sont organisés à l’identique des groupes programmatiques avec des animateurs et des experts issus des membres fondateurs et associés et dûment mandatés.
Le groupe transverse « Europe et International » est chargé d’accompagner les tutelles dans la définition de la position française vis-à-vis de l’Europe et dans l’analyse et l’identification des instruments et moyens nécessaires à sa mise en œuvre dans une logique de défenses des intérêts de la communautés française de l’énergie. Il apporte également son expertise et ses conseils aux groupes programmatiques et aux projets transverses, lorsque cela est pertinent, pour la valorisation de leurs actions vers l’Europe. Enfin, il assure la liaison avec l’EERA pour partager les réflexions et les initiatives afin de faire valoir les positions et intérêts des membres de l’Alliance.
Le groupe transverse « Sciences de base pour l’énergie » a pour finalité d’identifier des problématiques de recherche associées à des champs disciplinaires très divers en capacité de contribuer au secteur de l’énergie avec une visée à 10/15 ans, de les partager au travers de séminaires avec les communautés scientifiques concernées et d’y répondre par le biais d’appels à projets ouverts aux membres de l’Alliance et dotés de moyens mutualisés en provenance de ces mêmes membres.
Le groupe transverse « Stratégie » a été mis en place au moment de la rédaction de la SNR et de la SNRE afin d’apporter rapidement aux tutelles la contribution de l’Ancre. Contrairement aux deux autres groupes transverses, il n’a pas d’activité en propre et en continu. Constitué des sherpas du comité de pilotage, il est activité en fonction des besoins par le comité de coordination. Il peut associer à ses réflexions si besoin des invités ad hoc et/ou solliciter la participation des groupes programmatiques.